Nasza miejscowość została założona w roku 1335, kiedy to komtur dzierzgoński przeznaczył na jej lokację 6 włók ziemi uprawnej, która była w dyspozycji proboszcza parafii ostródzkiej. Wieś wymieniona jest także w dokumencie z 1348 roku wystawionego przez ostródzkiego komtura Albrechta Schoffa. Spustoszona w czasie wojny polsko–krzyżackiej w 1414 r. Niejaki Niclos z Buchwaldu uczestniczył w zjeździe rycerstwa ostródzkiego w 1440 r., sprzyjającego Związkowi Pruskiemu.

     W XV w. wieś miała do dyspozycji 46,5 włóki, a w kolejnych latach w wyniku karczowania lasów stale tę powierzchnię powiększała.

      W 1536 r. wielki mistrz nadał ostródzkiemu szpitalowi 8 włók ze zniszczonego folwarku w Turznicy, a z nich utworzono majątek ziemski w Kajkowie.

      W 1551 r. 21 włók należało do folwarku starostwa w Ostródzie, a pozostałe 39 włók rozdzielono między chłopów. W 1585 r. margrabia Georg Friedrich, w zastępstwie chorego księcia Albrechta Friedricha dokonał zamiany z miastem ziemi uprawnej w Morlinach na folwark w Kajkowie, liczączy 53 włóki (1 włóka=16,8 ha). W okresie wojen polsko – szwedzkich wieś mocno podupadła. Kwaterujący Szwedzi spalili młyn. Następne zniszczenie nawiedziło miasto w czasie pobytu wojsk napoleońskich (1807 r.). Na południe od Kajkowa znajduje się wzgórze „Napoleon”, skąd roztacza się piękny widok na Ostródę i okolice.

   Kolejne zniszczenia przyniosła II wojna światowa. Życie we wsi odradzało się dość szybko. Wyrazem wrastania przybyszów z różnych stron Polski było wybudowanie w 1946 r. kapliczki Matki Bożej z Lourdes, stanowiącej świadectwo wiary, podziękowanie za ocalenie z pożogi wojennej i piękny akcent witający gości przybywających od strony Ostródy. Kapliczka została po 60 latach odnowiona i poświęcona w 2006 roku przez J.E. Bpa Juliana Wojtkowskiego, a na pamiątkę została wmurowana tablica dziękczynna.

    1 lipca 2000 r. w Kajkowie powstała Parafia Rzymskokatolicka pw. św. Moniki. Od 2001 roku rozpoczęła się budowa kościoła, który od Wielkanocy 2004 roku gromadzi katolicką społeczność Kajkowa. Pierwszym proboszczem jest ks. kanonik mgr lic. Andrzej Ciućkowski.

    26 września 2010 r. J.E. Abp Wojciech Ziemba, Metropolita Warmiński dokonał konsekracji ołtarza i kościoła św. Moniki. 

    11 listopada 2010 r. na placu Mariackim za kapliczką NMP z Lourdes powstał pomnik w formie głazu z napisem w 100-lecie odzyskania niepodległości przez Polskę. 

    Na koniec 2021 r. miejscowość liczy 1374 mieszkańców, a sołtysem jest Stanisław Milewski.